Très tôt, dès l’âge de 16 ans, Jonathan Bougard commence à publier des dessins et à exposer son travail. Il réalise sa première exposition personnelle de peintures sur papier kraft dans une galerie de Bordeaux en 1999, à l’occasion des 90 ans de la Nouvelle Revue Française (NRF). Cette dernière a été accompagnée d’une publication sélectionnant un choix d’œuvres dans la revue.
En 2000, il intègre le collectif Spectre avec lequel il expose à Paris et à l’Institut français d’Innsbruck en 2002. Il a contribué à la revue Spectre et publie plusieurs petits livres en collaboration avec Pacôme Thiellement. Il a également participé à deux moyens-métrages réalisés par ce collectif, produits par Sycomore films, dans lesquels il joue son propre rôle.
En 2005, parti retrouver des amis à Tahiti, il est adopté par une famille tahitienne qui lui donne un fare. Après un arrêt de pratique artistique, il recommence à peindre en 2008, année durant laquelle il expose successivement ; un dessin de 30 mètres de long au Musée de Tahiti et ses îles lors de l’exposition collective Mana, et 120 peintures sur papier au salon des arts de Bora Bora.
En 2010 il part vivre un an aux Tuamotu, au secteur, où il pêche et fait le coprah, loin de la civilisation. Cette expérience lui a inspiré les Chroniques Paumotu, un carnet de voyage dessiné de 135 épisodes publié dans la Dépêche de Tahiti. En 2012, il fait parler de lui jusqu’au Sénégal, grâce à son exposition l’Enfer à Saint-Louis.
En 2012 il achète un appareil photo et se met à photographier et filmer son entourage. Le producteur Emmanuel Juan lui demande d’écrire une série de courts synopsis et produit la collection In Vivo, cinq documentaires de 26 minutes diffusés sur la chaîne TNTV entre 2015 et 2017. En août 2017 le film Miko est sélectionné en compétition au FIFIG dans la catégorie « jury jeunes ».
Jonathan Bougard travaille actuellement au développement d’une rétrospective et d’un film, tous deux consacrés au sculpteur Mara, à la réalisation de 1000 dessins destinés à une version animée des chroniques Paumotu, ainsi qu’à la pré-production d’une nouvelle collection de 5 films documentaires.